A történet főszereplője egy Lucy nevű diclonius. Mi az a diclonius? Egy mutáns, aki különös erőkkel bír. Lucy-nak a képessége az, hogy láthatatlan kezeket tud irányítani, és segítségükkel bárkit, vagy bármit el tud pusztítani, aki/ ami az útjába áll. Épp ezért elfogták, és bezárták, de kiszabadult, és megölte az őröket. Már csak egy kapu volt hátra, hogy kijusson, de hirtelen az életben maradt őrök meglőtték, és a tengerbe zuhant.

Eközben, Kota és Yuka a parton vannak, és meglátják Lucy-t. A lövés miatt semmire nem emlékszik, így szerencsétlen mutánst hazaviszik. Lucy új nevet kap: "Nyuu", mert csak annyit tud mondani. Semmire nem emlékszik, semmit sem tud. Így sok bonyodalmat okoz Kota-nak és Yuka-nak...és nem csak nekik, hanem másoknak is...

Ez az anime véres, brutális, mindenképpen 16+. Az anime ecchi szintje is magas, de ha valaki látott már durvábbat,(pl. X) akkor az Elfen Lied-et is szeretni fogja. Bár a sok vér és harc sokkoló, azért ki lehet bírni, ha már láttál egy jó pár részt.